Nós usamos suPHP nos nossos servidores e scripts PHP são executados com seu nome de usuário para segurança extra.

Todos os ficheiros devem ser chmod 644 e as pastas 711 ou 755.

Se você tiver pastas chmod 777, receberá uma mensagem de erro 500. Deve mudar para chmod 711 ou 755 para resolver o problema.

Outro caso em que iria receber uma mensagem de erro 500 é uma linha errada no seu ficheiro .htaccess. Verifique se existem linhas php_value ou php_flag e deve removê-las.