Se precisa de algumas configurações personalizadas PHP para qualquer uma das suas pastas, vai precisar de usar um arquivo php.ini personalizado.
Note que o arquivo php.ini personalizado que criar só será válido, para a pasta onde irá carrega-lo.
O arquivo php.ini é um arquivo de texto normal criado com o seu editor de texto.
Neste arquivo deve colocar apenas as mudanças que precisar.
Por exemplo, se você deseja ativar as variáveis globais para uma pasta, deve criar um arquivo php.ini e colocar a seguinte linha.
register_globals = On
Se pretende as alterações em todas as subpastas dentro do public_html, deve fazer o upload do arquivo na pasta public_html e adicione a seguinte linha ao .htaccess:
SuPHP_ConfigPath /home/username/public_html/php.ini
Substitua nome de utilizador no caminho acima com o nome de utilizador cPanel da conta que está a configurar o php.ini.